Nghi vấn dàn xếp kết quả

Vào ngày 1 tháng 7 năm 2014, khi hai tập đầu tiên của mùa 3 vừa được trình chiếu, một tin nhắn điền thoại từ một người tự cho là thành viên tổ quay của công ty BHD được gửi đến giới truyền thông, anh cho rằng công ty đã dàn xếp kết quả "lộ liễu" và tiết lộ chương trình đã thay đổi quy chế, đưa ra luật mới để không loại đội Xanh dương của Kiwi Ngô Mai Trang và Đỗ Hoàng Dương. Nội dung của tin nhắn cũng đã tiết lộ rằng giải Nhất thuộc về đội Hồng của ca sĩ Hương Giang và Criss Lai, giải nhì thuộc về đội Cam của hai diễn viên Trang Trần và Hiếu Nguyễn, đội Vàng của người mẫu Huyền Trang và nhà thiết kế An Định về thứ ba và vị trí thứ 4 thuộc về đội Xanh dương. Anh cho rằng ba đội của Ngô Mai Trang, Huyền Trang và Hương Giang đều được mời tham gia từ trước, còn việc tham gia thi tuyển của cả ba chỉ là "thủ tục."[3]

Thử thách gây phá hoại môi trường

Chặng 6 của mùa 6 vướng tranh cãi liên quan đến thử thách lặn biển ở Phú Yên. Cụ thể, người chơi phải nhớ thứ tự tấm bê tông đặt dưới biển, sau đó xếp lại các tấm trên bờ thành đề bài để cùng giải đáp án. Tuy nhiên, chi tiết gây tranh cãi là những tấm bê tông này được đặt lên rạn san hô. Phía Cuộc đua kỳ thú giải thích thêm ý định ban đầu của họ là đặt khung sắt và bê tông lên dải đá và cát, nhưng gặp trục trặc nên phải thay đổi. Sau cùng, ê-kíp Cuộc đua kỳ thú đã gửi lời xin lỗi. Theo đó, đơn vị sản xuất thừa nhận việc xếp bê tông lên san hô là sai và xin rút kinh nghiệm.[4][5]

Thử thách ngược đãi với động vật

Một cư dân mạng đã đăng ý kiến cá nhân lên nhóm Facebook Lạc Vào Sở Thú về thử thách vẽ sơn lên lợn trong tập 1 của mùa 6. Để thực hiện được thử thách này, các đội chơi phải thuần phục được chú lợn của mình. Để giữ chặt được lợn, họ phải giật, kéo dây cột, thậm chí là vật chú lợn nằm xuống đất để có thể dùng sơn vẽ lên da chúng. Vì hoảng sợ, nên tất cả lợn trong cảnh quay đều kêu la rất thảm thiết, không chỉ vậy, rất có thể sơn đã làm chúng khó chịu nên chẳng có con lợn nào chịu nằm yên. Những hình ảnh phản cảm này xuất hiện trên sóng truyền hình khiến rất nhiều khán giả phẫn nộ. Họ cho rằng, vì là một chương trình hút khách, có sự tham gia của người nổi tiếng và phát sóng rộng rãi, những hành vi không tốt với động vật có thể ảnh hưởng đến rất nhiều trẻ em xem chương trình.

Tranh cãi về biên tập

Có rất nhiều ý kiến cho rằng mùa 6 không bằng các mùa khác do biên tập thiếu chuyên nghiệp. Ở một số tập phát sóng có những đội xuất hiện quá nhiều nhưng có đội được xuất hiện rất ít. Các tập 1, 9 được cho là "quá nhạt" do không hề có lựa chọn kép hay vượt rào. Một số chặng thử thách không có tính bứt phá gây sự nhàm chán cho người xem. Thậm chí, tập đầu tiên của mùa 1 còn bị nhận xét là "biên tập chán nhất trong các mùa".